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科研进展| 基因组所开发更高效率更低成本的重测序文库制备新方法

来源: 发布者: 时间:2020年05月25日

  5月24日,国际知名学术期刊《植物-方法(Plant Methods)》在线发表基因组所常玉晓课题组最新研究成果,题为“All-in-one sequencing: an improved library preparation method for cost-effective and high-throughput next-generation sequencing”的论文报道了新的重测序文库制备方法。这种名为“AIO-seq”的新方法简化了文库制备的流程,极大地降低了文库制备的成本,为NGS在育种中应用扫除了高成本障碍。

  

  全基因组基因型鉴定在育种中具有重要的作用。虽然目前基于二代测序的全基因组基因型鉴定在技术层面已经非常成熟,但是其高昂的价格限制了在育种中的广泛应用。育种家普遍期望单个样本的全基因组基因型鉴定的价格能够降低至10美元左右。

  围绕这一技术难题,常玉晓课题组优化了常规的重测序文库制备方法,将传统方法文库扩增后的文库分选和定量这两个步骤,从“每个样品单独操作”的繁琐流程,优化为“多个样品混合操作”的简化流程。通过简化,可以实现一百多份样品混在一起只进行一次文库的分选和定量,大大降低了重测序文库的建库时间成本和试剂成本。此外,该方法还结合质量越来越好的国产建库试剂,进一步降低了试剂成本。最终应用新方法AIO-seq,可以将全基因组基因型鉴定的成本降低到育种家期望的10美元,为NGS在育种中的广泛应用扫除了障碍。

  

  All-in-One sequencing (AIO-seq) 方法的基本流程

  文章审稿人高度评价该研究成果,表示AIO-seq方法可以加快科研项目进度,将成为重测序的标准方法,在育种研究特别是植物育种中,有重要的应用价值。

  中国农业科学院农业基因组研究所是文章第一单位,基因组所博士生赵胜和广西大学张翠翠副教授为并列第一作者,基因组所常玉晓研究员和河南农业大学丁俊强副教授为共同通讯作者。该研究得到中央级公益性科研院所基本科研业务费、中国农科院创新工程和深圳市科创委基金,以及广西自然科学基金的资助。

  

  文章链接:https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-020-00615-3

  

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