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孔思远课题组




孔思远课题组

Siyuan Kong Lab

  课题组长

孔思远,副研究员,硕士生导师,国家“博士后创新人才支持计划”、深圳市优秀科技创新人才培养专项(博启)入选者。动物基因组中心Pre-PI,动物功能基因组学创新团队骨干专家,广西大学、华中农业大学、河南大学、青岛农业大学联培硕士生导师。主持中国博士后科学基金博新计划项目、中国博士后科学基金面上项目、广东省自然科学基金面上项目等基金。获得中国农业大学教育基金会吴常信动物遗传育种优秀论文奖、全国动物遗传育种学术讨论会优秀论文特等奖、中华医学会糖尿病学分会全国学术会议优秀壁报奖、博士国家奖学金、大北农励志奖学金、三仪最佳论文奖、中国农业科学院农业基因组研究所“五一模范青年”称号等。

联系方式:kongsiyuan@caas.cn


  工作经历

2021.04 - 至今         中国农业科学院深圳农业基因组研究所  副研究员

2022.04 - 至今         中国农业科学院农业基因组研究所科研第五党支部 支部书记

2021.04 - 至今         中国农业科学院深圳农业基因组研究所  博士后

2020.01 - 2021.03   中国农业科学院深圳农业基因组研究所  助理研究员


  教育经历

2015.09 - 2019.12  中国农业科学院                                   理学博士

2012.09 - 2015.07  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所    农学硕士 

2009.09 - 2012.07  山东农业大学外国语学院                     文学学士 

2008.09 - 2012.07  山东农业大学动物科技学院                  农学学士


  研究进展

染色质构象捕获技术(C-技术)在三维基因组学中得到了非常广泛的应用。但普遍都存在较高的数据噪音。前期我们筛选了一系列高效外切酶组合,可以有效地消除线性DNA及后续测序结果中的噪音来源。提出了一种利用外切酶组合降低染色质构象捕获系列技术噪音的新策略。该成果发表在《核酸研究》(Nucleic Acids Research),并在中国农业科学院、科学网、科技日报等官方网站进行学术报道。

在三维基因组学学科发展的总结展望方面,对三维基因组学及其技术的研究进展进行了综述,详细整理总结了当前三维基因组学最新技术和最新理论应用,发表在《细胞生物学和毒理学》(Cell Biology and Toxicology)。


研究方向

目前课题组正致力于高精度多组学(三维基因组学、宏基因组学、单细胞组学、单核小体组学)技术研发及应用,以及家畜(猪)和模式动物(小鼠)的基因调控与细胞工程研究。

主要包括:

1. 微量细胞起始量、单细胞多组学技术研发及其在畜牧学上的应用。

2. 三维基因组学技术的跨物种(动物、植物和微生物)改良及应用。

3. 人类和畜禽肠道、土壤宏基因组学技术研发及应用。

4. 单核小体组学技术研发及其在基因转录调控中的应用。


Selected Publications

1. Siyuan Kong†, Qing Li†, Gaolin Zhang†, Qiujia Li, Qitong Huang, Lei Huang, Hui Zhang, Yinghua Huang, Yanling Peng, Baoming Qin, Yubo Zhang*. Exonuclease combinations reduce noises in 3D genomics technologies. Nucleic Acids Research, 2020, 48(8): e44.

2. Siyuan Kong, Yubo Zhang*. Deciphering Hi-C: from 3D genome to function. Cell Biology and Toxicology, 2019, 35(1): 15-32.

3. Siyuan Kong, Jinxue Ruan, Leilei Xin, Junhua Fan, Wenjun Zhu, Jihan Xia, Li Li, Shulin Yang*, Kui Li. Type 2 diabetes model of minipig generated by multi-gene transgenic technology. Diabetes-metabolism Research and Reviews, 2015, 31(S1): 26-27.

4. Siyuan Kong†, Jinxue Ruan†, Kaiyi Zhang, Bingjun Hu, Yuzhu Cheng, Yubo Zhang, Shulin Yang*, Kui Li. Kill two birds with one stone: making multi-transgenic pre-diabetes mouse models through insulin resistance and pancreatic apoptosis pathogenesis. PeerJ, 2018, 6(5):e4542.

5. Siyuan Kong, Li Li, Wenjuan Zhu, Leilei Xin, Jinxue Ruan, Yubo Zhang, Shulin Yang*, Kui Li. Genetic characteristics of polycistronic system‑mediated randomly-inserted multi-transgenes in miniature pigs and mice.Molecular Medicine Reports, 2017, 17(1): 37-50.

6. Siyuan Kong†, Qitong Huang†, Yubo Zhang*. The Future of 3D Genomic Technology: Precision-omics. Gene Technology, 2020, 9: 155. doi: 10.3524 8/2329-6682.20.9.155.特邀综述


孔思远课题组更新于2022年4月

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