MENU

研究中心

当前位置: 首页» 科研队伍» 研究中心» 组学技术研究中心

纪宏超课题组

纪宏超课题组

Ji Hongchao Lab


  课题组长

纪宏超,副研究员,2020年毕业于中南大学,理学博士,长期从事代谢组学与蛋白组学、化学计量学与化学信息学、机器学习与深度学习研究。主持国家自然科学基金青年项目、中国博士后科学基金面上项目、深圳市科技创新人才培养(博士启动)项目。以第一作者在Briefings in Bioinformatics, Analytical Chemistry (3篇)等期刊发表论文6篇,担任Journal of Chemical Information and Modeling, Analytical and Bioanalytical Chemistry, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems等期刊审稿人。获得中南大学优秀博士毕业论文、中南大学拔尖博士校长奖学金、博士研究生国家奖学金(2次)、湖南省优秀博士毕业生等。

联系方式:jihongchao@caas.cn


  工作经历

2022.05 - 至今 中国农业科学院深圳农业基因组研究所 副研究员

2020.07 – 2022.05     南方科技大学 博士后


  教育经历

2015.09 – 2020.06  中南大学 化学化工学院 理学博士

2011.09 - 2015.07  中南大学 化学化工学院 工学学士 


研究方向

1. 高分辨质谱数据解析及代谢组学生物信息学分析方法

2. 基于深度学习的未知小分子化合物结构与功能预测


研究进展

l 基于深度学习的代谢物结构鉴定

代谢物的结构解析一直是制约代谢组学发展的重大技术瓶颈。根据以往的代谢组学研究经验,人类血浆中能检测到至少 1200 种代谢物信号,植物组织中能检测到 4000-25000 种代谢物信号,但其中 90 %的代谢物无法通过谱库检索获取其化学结构。本人与合作者通过建立深度神经网络模型,挖掘代谢物结构与其色谱、质谱之间的关联性,用于辅助质谱解析和小分子代谢物定性,发表了一系列的研究工作。包括基于液相色谱-质谱预测分子相似性的结构解析方法 DeepMASS,通过气相色谱-质谱预测分子指纹的结构解析方法 DeepEI ,通过分子结构和图神经网络的色谱保留时间预测方法GNN-RT等,二者定性性能均达到或超过国内外同类代谢物定性软件。相关工作均整合为开源软件包供研究人员使用和借鉴,网址为 https://github.com/hcji。


l 基于化学计量学的多组学分析

化学计量学算法广泛应用于基因组学、蛋白组学和代谢组学分析,本人与合作者为组学分析开发了一套化学计量学软件包KPIC2,功能包括原始数据解析、特征提取、滤噪、缺失值填充、数据可视化、分类聚类算法、关键变量筛选等。该软件通过R和C++混合编程实现,并通过Shiny软件与用户进行动态交互。此外,本人还曾为代谢组学靶标分析开发用户可视化软件TarMet(基于R语言),用于从复杂的代谢物数据中提取感兴趣代谢物信息,用以精确定量。同时正在开发基于蛋白质组学实验和细胞热移位分析,进行药物-蛋白相互作用、蛋白-蛋白相互作用分析的可视化软件ProSAP(基于Python语言和QT框架),以及转录组、蛋白组、代谢组学结合分析的自动化、可视化分析工具(基于R语言和Shiny框架)。


代表论著

1. Hongchao Ji, Xue Lu, Zhenxiang Zheng, Siyuan Sun, Chris Soon Heng Tan. ProSAP: A GUI Software Tool for Statistical Analysis and Assessment of Thermal Stability Data. Briefings in Bioinformatics 2022, 1–13.

2. Hongchao Ji, Hanzi Deng, Hongmei Lu, Zhimin Zhang. Predicting a Molecular Fingerprint from an Electron Ionization Mass Spectrum with Deep Neural Networks. Analytical Chemistry 2020, 92 (13), 8649–8653.

3. Hongchao Ji, Yamei Xu, Hongmei Lu, Zhimin Zhang. Deep MS/MS-Aided Structural-Similarity Scoring for Unknown Metabolite Identification. Analytical Chemistry 2019, 91 (9), 5629–5637.

4. Hongchao Ji, Fanjuan Zeng, Yamei Xu, Hongmei Lu, Zhimin Zhang. KPIC2: An Effective Framework for Mass Spectrometry-Based Metabolomics Using Pure Ion Chromatograms. Analytical Chemistry 2017, 89 (14), 7631–7640.

5. Hongchao Ji, Zhimin Zhang, Hongmei Lu. TarMet: A Reactive GUI Tool for Efficient and Confident Quantification of MS Based Targeted Metabolic and Stable Isotope Tracer Analysis. Metabolomics 2018, 14 (5), 68.









返回列表页
TOP TOP