2017年5月,中国农业科学院建院60周年之际，习近平总书记提出，中国农业科学院要面向世界农业科技前沿、面向国家重大需求、面向现代农业建设主战场，加快建设世界一流学科和一流科研院所，推动我国农业科技整体跃升。李克强总理指出，中国农业科学院要紧扣我国农业技术“短板”，着力深化农业科技体制机制改革，着力推动农业科技创新，力争取得更多有分量的科研成果、培养更多优秀人才，不断提升我国农业科技水平和国际竞争力。为了满足日益增强的科研优势转化为高层次农业科技人才培养优势的需求，充分发挥中国农业科学院在高端农业人才培养方面的巨大潜能，2017年12月，中国农业科学院决定依托中国农业科学院农业基因组研究所（以下简称“基因组所”），在研究生教育“院所结合 两段式培养”模式的整体框架内建立中国农业科学院深圳研究生院（以下简称“深圳研究生院”）。

       2019年4月，中国农业科学院与深圳市签署了全面战略合作框架协议，明确共建深圳研究生院。2020年9月，深圳研究生院正式揭牌办学，在学科发展方面，深圳研究生院实施“生物技术/信息技术+现代农业”战略，聚焦国家重大战略与发展需求，培养我国农业现代化、产业化转型进程所急需的生物农业、智慧农业、食品安全与营养健康等方面的交叉复合型人才。现已开展生物信息学、基因组学、遗传育种等专业硕士生和博士生教学，与荷兰瓦赫宁根大学、比利时列日大学、华中农业大学等国内外知名高校联合培养研究生，目前在读研究生517人，留学生及国际高校联培博士19人。

       未来，深圳研究生院将秉承“明德格物、博学笃行”的院训，坚定“以科学为中心，以奋斗者为本，坚持顶天立地”的思想，坚持开放办学的理念，充分利用我院科技创新、学科、人才等优势，充分利用深圳先行示范区和粤港澳大湾区的政策优势和创新环境，共同创建我院研究生培养的南方基地、创建我国农业高层次人才培养的联合试验田和先行示范区，努力成为国内一流、国际知名的高层次农业人才培养基地，为我国实施乡村振兴战略、粤港澳大湾区战略和深圳建设社会主义先行示范区提供人才和科技支撑。