程时锋，研究员，博士生导师。国家自然科学基金委优秀青年科学基金获得者，中国农业科学院“青年英才”，深圳市重大人才项目获得者。主要从事植物比较进化基因组学、作物群体遗传学、和关键性状起源和表型演化机制的多组学ENCODE研究。

近年来重点关注trait-based的Phylo-GWAS研究方法、大规模比较进化基因组学、作物群体大数据gene-trait关联和连锁研究方法，如开发多倍体作物（小麦、燕麦等）群体多样性绘制（包括Pan-genome、Pan-SV和Pan-NLRome）和高效的GWAS关联分析基因发现工具和算法，包括开发kmer-based GWAS，PAV/SV-GWAS，eGWAS，mGWAS等。

主要项目包括：（1）“谷-豆”国际基因组联盟计划下的禾本科作物和豆科豆类比较基因组和群体基因组；（2）结瘤生物固氮分支N-fixing Root Nodule Symbiosis祖先新性状起源与多样性演化的基因表达表观调控机制；（3）C4高光合大规模比较进化基因组学，及其起源和平行演化的基因表达表观调控机制。团队先后参与完成了多个重大项目，相关研究成果以第一或通讯作者(含共同)发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志10篇，共发表SCI论文36篇，他引9000多次。多次主持国际学术研讨会并作报告，审稿<Nature Communication>、<Trends in Plant Science>等多篇文章。目前拥有团队成员15名，主要来自计算机科学、基因组学、生物信息学、植物分子生物学、进化与群体遗传学等多个学科。

   工作经历

2018/10-至今               中国农业科学院农业基因组研究所              研究员

2011/07-2018/10        华大基因研究院                                         资深科学家

   教育经历

2013/09-2016/12          香港大学                         博士研究生

2008/09-2011/07          深圳华大基因研究院        硕士研究生

2004/09-2008/07          湖北大学，生物科学        本科

   团队研究方向

课题组关注植物生物多样性基因组，聚焦于禾本科与豆科，以及背后两个关键的科学问题：结瘤共生固氮与C4高光效的分子机制，并致力于从“phylogenomics”、“population genetics”和“trait-based ENCODE”三个维度进行系统研究。愿景是学习大自然与进化的智慧并应用于农业与食品领域。主要研究方向包括：

1. 结瘤共生固氮演化起源与遗传调控网络构建；

2. C4/CAM高光效性状平行演化的分子机制；

3. 禾本科谷物与豆科豆类作物群体基因组及基因发现(G3RP: Global Grain Genomics Research Program);

4. 水平基因转移在植物（生命）起源与大进化中的关键角色。

   研究进展

运用大规模比较系统发育基因组学技术分析结瘤固氮的祖先起源、分布和多样性形成机制，首次提出“多重独立丢失”学说，为结瘤固氮遗传调控网络构建、结瘤固氮功能基因组学和将以豆科为代表的结瘤固氮性状通过工程化手段移植到非豆科作物中奠定了坚实的理论基础；通过基因组测序和生物信息学分析手段，研究禾本科、豆科等生物多样性丰富的植物科属及其代表性物种，探索其基因组进化历史和祖先重构，关键基因家族演化史，非编码区调控元件及关键遗传代谢通路网络构建；积累大量有关真核生物的起源、陆地植物、植物、微生物symbiosis的起源等关键进化节化点上的基因组数据和发现。文章先后发表在 Science ， Cell ， Nature , Nature Genetics ， Plant Cell ， Plant Journal 等知名学术刊物中。

主要讲授课程：基因组学。