成立中国农业科学院深圳生物育种创新研究所（创新院）

2010年11月2日，深圳市人民政府与中国农业科学院签订“关于合作共建现代农业生物育种创新示范区的框架协议”

2011年11月15日，中国农业科学院深圳生物育种创新研究院在深圳正式揭牌

成立中国农业科学院深圳农业基因组研究所（深圳所）

2013年6月，时任中国农业科学院院长李家洋与时任深圳市委书记王荣洽谈，双方达成共建意愿，以深圳市事业单位法人运行

2014年4月，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在深圳市大鹏新区正式揭牌

成立中国农业科学院农业基因组研究所（中央所）

2015年7月，中央编办批复同意设立中国农业科学院农业基因组研究所

2016年8月，基因组所在国家事业单位登记局完成法人登记并取得法人证书

2016年10月，取得中央预算单位预算代码，2016年11月，获得银行开户许可

迈入“院市共建 部省后援”的新发展时期

2019年4月，推动中国农科院与深圳市深化合作签署全面战略合作框架协议。

基因组所迈入“院市共建 部省后援”的新发展时期

综合办公室更新于2023年3月