中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称基因组所）成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设，实行理事会管理，探索体制机制创新，致力于建设世界一流农业科研院所。

成立以来，基因组所深入贯彻落实习近平总书记“四个面向、两个一流”指示精神，先后开展科研自主权改革、科技人才分类评价等国家级科技体制改革试点工作，被列为中国农业科学院现代院所改革的“试验田”；成立了组学技术、合成生物学、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台，形成了以多组学技术、基因编辑技术和合成生物学技术为基础，以生物育种和食品健康为方向的“3+2”学科体系；参与建设“热带作物生物育种全国重点实验室”，获批“岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心”“农业农村部农业基因数据分析重点实验室”等创新载体；在包括 Science、Nature、Cell 等顶级期刊在内的杂志上发表论文1500多篇，以基因组设计育种育成国审、省审新品种40余个，农业基因组学等研究领域占据世界前沿。2019年以来自然指数排名全国农业类科研院所前列，多项成果入选“‘十三五’十大农业科技标志性成果”“中国生命科学十大进展”“中国农业科学重大进展”“中国农业农村重大新技术”等，先后获得“何梁何利基金”奖、“周光召基础科学奖”“全国创新争优奖”“深圳经济特区建立40周年创新创业和先进模范人物”“深圳市市长奖”“广东省五一劳动奖状”等奖励。

基因组所将立足国家战略需求和地方经济社会发展需要，致力于农业高水平科技自立自强，打造国际一流的生命科学和生物农业原始创新引擎。

综合办公室更新于2024年7月