易会广课题组

易会广课题组

Huiguang Yi Lab

课题组长

易会广，副研究员 。主要从事组学算法开发与应用研究。在基于序列大数据降维的比较基因组学算法、新型转录组定量算法及宏基因组分析算法等方向上深入研究、提出了一系列创新的想法和技术。

联系方式：yihuiguang@caas.cn

工作经历

2021.8 – 至今        中国农业科学院深圳农业基因组研究所 副研究员

2018.4 – 2021.4    南方科技大学      博士后

2017.11 – 2018.3  温州医科大学   助理研究员

2014.3 – 2016.9    宾夕法尼亚大学/佐治亚大学 博士后

教育经历

2009.9 – 2013.7       复旦大学           博士研究生

2006.9 – 2009.7       温州医科大学    硕士研究生

2001.9 – 2006.7       温州医科大学    本科

团队研究方向

本课题组致力于组学算法开发及应用研究。

主要包括：1. 新型转录组表达定量算法研究；2. 组学大数据通用降维算法及基于此的快速比较基因组学研究和相关应用研究；3. 宏基因组分析算法开发研究。

研究进展

1. 基于RNA-seq 测序集与参考转录组之间的线性关系，提出了用求解线性方程组的方式来直接估计转录本或基因表达量的思想。基于该思想开发了新型转录组定量算法，并且通过模拟及真实数据测试，验证了该算法较之现有的转录组定量算法具有更高的准确性。

2. 提出了利用k-mer子序列空间抽样进行序列降维的思想。基于该思想开发了序列降维算法工具KSSD，并利用该算法工具开展了目前规模最大的比较基因组学分析，发现了NCBI上的误标数据集。

Selected Publications

1.Huiguang Yi and others, A fast and globally optimal solution for RNA-seq quantification, Briefings in Bioinformatics, 2023;, bbad298, https://doi.org/10.1093/bib/bbad298

2. Yi, Huiguang; Lin, Yanling; Lin, Chengqi; Jin, Wenfei; ",Kssd: sequence dimensionality reduction by k-mer substring space sampling enables real-time large-scale datasets analysis,Genome biology,22,1,1-20,2021,BioMed Central

3. Yi, Huiguang; ,2019 novel coronavirus is undergoing active recombination, Clinical Infectious Diseases,71,15,884-887,2020,Oxford University Press US

4. Yi, Huiguang; Jin, Li; ,Co-phylog: an assembly-free phylogenomic approach for closely related organisms,Nucleic acids research,41,7,e75-e75,2013,Oxford University Press

5. Yi, Huiguang; Xi, Yali; Liu, Jing; Wang, Junrong; Wu, Jinyu; Xu, Teng; Chen, Wei; Chen, Biaobang; Lin, Meili; Wang, Huan; ,Sequence analysis of pKF3-70 in Klebsiella pneumoniae: probable origin from R100-like plasmid of Escherichia coli,PLoS One,5,1,e8601,2010,Public Library of Science

6. Yi-An Ko, Huiguang Yi, Chengxiang Qiu, Shizheng Huang, Jihwan Park, Nora Ledo, Anna Köttgen, Hongzhe Li, Daniel J Rader, Michael A Pack, Christopher D Brown, Katalin Susztak; ,Genetic-Variation-Driven Gene-Expression Changes Highlight Genes with Important Functions for Kidney Disease,The American Journal of Human Genetics,100,6,940-953,2017,Cell Press

易会广课题组更新于2023年8月