【深圳商报】萌萌哒陆川猪有了基因“身份证”，深圳发布我国首个地方猪“超清”基因组图谱

9月30日，读创记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉，该所猪基因组设计育种创新团队，于预印版在线学术期刊BioRxiv发布了“中国农产品地理标志”陆川猪的高质量基因组序列。

▲陆川猪染色体级别定相（Phased）基因组组装

据了解，这是我国首个地方猪“超清”基因组图谱，首个陆川猪基因组图谱，其图谱质量堪比国际广泛采用的杜洛克猪基因组，该基因组图谱的发表填补了亚洲家猪缺少高质量参考基因组的空白，意味着中国人从此有了“超清”地方品种猪参考基因组序列。

地方猪种质资源保护刻不容缓

人类驯养猪由来已久，家猪是野猪被人类驯化后所形成的亚种，有研究发现野猪首先在中国被驯化，历史可追溯至新时期时代早、中期。

▲杜洛克猪（Duroc）（图片来源于网络）

科研人员表示，东西方猪种拥有各自独立的驯化起源，分属两个不同的进化分支，具有明显的形态和遗传学差异。目前，世界上大部分猪基因组学研究采用的是杜洛克猪（Duroc）的参考序列，这种猪原产于美国东部。与亚洲家猪猪种具有显著的区别。

据介绍，中国是世界上最大的生猪养殖和猪肉消费国，同时也拥有全球最丰富的猪种资源。我国有90多个地方品种，占世界三分之一。

“我国地方猪群具有丰富的遗传多样性，是深入挖掘猪种肉质品质和抗病力等重要性状优质基因的遗传宝库。”科研人员告诉记者，随着西方商业猪种的普及，我国地方猪种受到非常大冲击，有些著名地方品种的数量甚至比大熊猫还要稀少，部分品种甚至已灭绝。地方猪种质资源保护刻不容缓。

为人类健康和疾病研究开辟新路

▲陆川猪（图片来源于网络）

此次研究的对象——陆川猪，正是广西壮族自治区玉林市陆川县特产。陆川猪体型紧凑，具有“短、宽、肥、圆”的特点，毛色呈一致性黑白花，肉质鲜嫩。早在1982年，陆川猪就被被载入《中国猪品种志》。2000年，又被农业部列为国家级畜禽资源保护品种名录。2006年，再被农业部确定为国家级遗传资源保护品种。2010年，农业部批准对“陆川猪”实施农产品地理标志登记保护。

该项课题的进化研究表明，陆川猪和杜洛克猪的分化时间约为170万年。通过比较两种猪的基因组，科研人员发现陆川猪中272个阳性选择（PSG）基因在蛋白酪氨酸激酶活性、微管运动活性、GTP酶激活物活性和泛素蛋白转移酶活性等方面均显著富集，而杜洛克猪的阳性选择基因则与G蛋白偶联受体活性密切相关。

这些发现不仅为猪遗传学领域研究提供了关键的基准数据，而且能更好地利用猪作为模式动物，在分子层面开展基础研究，为人类健康和疾病研究开辟新路。

成功获得2套染色体级别的基因组序列

此次的研究成果借助了目前最新的多项测序技术及最精准的组装算法，首次获得了染色体级别的定相基因组，标志着来自亲本的等位基因可以完整区分；并且利用最新的组装算法和三维基因组技术，获得了完整的2套基因组序列。

▲中国农科院深圳农业基因组研究所猪基因组设计育种创新团队

“包括人在内的很多物种都是二倍体。每个二倍体个体中都有两套不同亲本来源的单倍体序列，此次组装得到的猪基因组，除了有很高的连续性外，更是成功地获得了2套染色体级别的基因组序列，这在基因组组装研究领域尚属首次。”项目负责人唐中林研究员表示，这意味着科研人员可同时研究同源染色体的变异以及来自不同亲本的等位基因功能，这是基因组学领域科学家们梦寐已久的。

项目参与方、深圳凌恩生物CEO牛永超说，这项研究对基因组学研究领域将产生深远影响，未来研究团队还将开展更深入的研究。

据悉，该研究得到国家自然科学基金重点项目、转基因重大专项、深圳市科创委和中国农业科学院创新工程的支持。

（来源：深圳商报）