成果快讯 | 基因组所10月科研成果合集

基因组所（大鹏湾实验室）10月科研成果速览。

成果目录（按论文发表时间排序）：

1. 构建陆地棉纤维发育基因调控网络

2. 宿主DNA去除技术的利弊与发展

3. 破解姜荷花休眠基因密码

4. 解析微生物群落功能“暗物质”

5. 长读长测序分析新工具发布

6. 给马铃薯装上“抗病插件”

7. 构建陆地棉纤维发育基因调控网络

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构建陆地棉纤维发育基因调控网络

2025年10月8日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）胡冠菁团队与中国农业科学院棉花研究所马雄风研究员团队在《新植物学家（New Phytologist）》上发表了题为“Dynamics of duplicated gene regulatory networks governing cotton fiber development following polyploidy”的研究论文。该研究收集分析了401份棉花纤维发育不同阶段的基因表达数据，系统绘制控制棉纤维发育的基因调控网络，揭示亚基因组不对称性在纤维发育过程中的新规律，为棉花纤维改良提供理论参考。

论文链接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.70616

扩展阅读：New Phytologist | 基因组所胡冠菁团队联合中棉所马雄风团队成功构建陆地棉纤维发育基因调控网络

宿主DNA去除技术的利弊与发展

2025年10月13日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）刘永鑫团队在《植物生物技术杂志（Plant Biotechnology Journal）》上发表题为“Advancing Plant Microbiome Research Through Host DNA Depletion Techniques”的综述论文。该研究系统概述了植物宏基因组研究中主要的宿主DNA去除策略，阐述了各方法的优势与局限，并重点介绍了用于微生物富集的新型分子工具，通过借鉴人类与动物领域的相关研究经验，旨在为未来植物微生物组研究提供参考，推动高精度、低成本的群落分析解决方案。

论文链接：https://doi.org/10.1111/pbi.70379

扩展阅读：PBJ | 基因组所刘永鑫课题组综述宿主DNA去除技术的利弊与未来发展方向

破解姜荷花休眠基因密码

2025年10月13日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）武志强团队在《植物生理学（Plant Physiology）》上发表题为“The transcriptional landscape and dynamics regulating organ differentiation and dormancy in Curcuma alismatifolia”的研究论文。该研究以具有多个变态器官和双重繁殖策略的姜科植物姜荷花（Curcuma alismatifolia Gagnep.）为研究对象，通过转录组分析和功能实验验证，首次识别出调控姜荷花根状茎发育与休眠的关键基因，为实现该植物的周年生产提供了新路径。

论文链接：https://academic.oup.com/plphys/advance-article/doi/10.1093/plphys/kiaf501/8285115

解析微生物群落功能“暗物质”

2025年10月15日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）张艳聪团队联合哈佛大学Curtis Huttenhower教授团队在《自然·生物技术（Nature Biotechnology）》发表了题为“Predicting functions of uncharacterized gene products from microbial communities”的研究论文。该研究开发一种蛋白质功能预测AI模型FUGAsseM，为系统性解析微生物群落功能“暗物质”提供全新方法。该模型创新整合宏转录组共表达、宏基因组共定位、蛋白互作等跨组学数据，构建双层机器学习架构，在精度、覆盖度和前瞻性上均表现优异，能够跨越物种与生态系统限制，捕获传统方法难以识别的新功能信号。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41587-025-02813-7

扩展阅读：Nature Biotechnology｜基因组所张艳聪团队联合哈佛大学开发新一代AI工具

长读长测序分析新工具发布

2025年10月27日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）刘永鑫课题组在《先进科学（Advanced Science）》上发表题为“EasyAmplicon 2: Expanding PacBio and Nanopore Long Amplicon Sequencing Analysis Pipeline for Microbiome”的研究论文。研究团队推出全新开源工具EasyAmplicon第2版，新版本在保留短读扩增子分析功能基础上，全面支持第三代全长扩增子测序数据分析，并优化了可视化功能，为微生物分类和定量研究提供更简单、易用的分析环境，现已免费开放使用。

论文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202512447

扩展阅读：Advanced Science | 基因组所刘永鑫课题组发布长读长测序分析新工具EasyAmplicon 2

给马铃薯装上“抗病插件”

2025年10月30日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）黄三文团队与南京农业大学植物保护学院/农林生物安全全国重点实验室董莎萌团队合作，在《自然（Nature）》期刊发表了题为“Plug-in Strategy for Resistance Engineering Inspired by Potato NLRome”的研究论文，为解决这一全球性难题提供了一个新方案。该研究构建了马铃薯抗病基因资源库，揭示了识别和辅助两类抗病基因在序列和功能上的分化特征，并阐明了它们与具有不同进化潜力的病原菌之间的协同演化规律。利用比较和演化基因组学，研究团队挖掘出三个新抗晚疫病基因，并在对其抗病机理的深入解析基础上提出了“Plug-in（插件式）”抗病育种新策略，为培育持久抗病的马铃薯品种开辟了全新路径。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-025-09678-5

扩展阅读：Nature | 基因组所和南京农大发明抗病基因Plug-in新技术