常玉晓课题组

	姓名：		常玉晓
	职称：		研究员，博士生导师
	电话/传真：		0755-23250365
	电子邮件：		changyuxiao@caas.cn
	实验室主页：
	研究方向：		基于NGS，开发为植物功能基因组学和育种研究服务的新方法

 简历介绍：

常玉晓，研究员，博士生导师。

2009年毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室，获理学博士学位。2010-2015年先后在美国The Wistar Institute和The Jackson Lab for Genomic Medicine从事肿瘤基因组学研究。目前主要研究领域为新一代测序技术的开发及应用和产业化，已经成功开发出多种新的DNA测序相关方法并申请了专利。近五年主持国家自然科学基金面上项目2项，省市级项目3项，以第一/通讯作者在国际学术期刊上发表学术论文7篇。

工作经历：

2015.02 - 至今        中国农科院深圳农业基因组研究所            研究员，博士生导师

2012.10 - 2015.01  美国杰克逊基因组医学实验室(The Jackson Laboratory for Genomics Medicine)  博士后

2010.05 - 2012.09  美国维斯塔研究所(The Wistar Institute)  博士后

教育经历：

2002.09-2009.12  华中农业大学，作物遗传改良国家重点实验室，生物化学与分子生物学专业硕博连读，理学博士（导师：张启发 院士）

1997.09-2001.07  河南农业大学，园艺学，农学学士

 研究领域：

团队组成：

常玉晓（PI），赵胜（博士后），Waqar Afzal Malik（博士后），陈鹏（博士生），顾家琦（博士生），竺正航（科研助理），张玉娥（科研助理），刘永康（硕士生），闫一鸣（硕士生），谢姝贤（硕士生），陈昊天（硕士生）。

研究方向：

新一代测序技术（Next Generation Sequencing, NGS）的快速发展已经深深的影响了植物功能基因组学和育种研究的方方面面。随着测序技术的不断成熟以及价格的不断下降，未来NGS一定会与植物功能基因组学和育种研究结合的更加紧密。团队研究方向主要是基于NGS，开发为植物功能基因组学和育种研究服务的新方法，包括：第一，DNA大片段文库的制备；第二，全基因组分子标记的新方法；第三，这些新技术在复杂植物基因组中的应用，尤其是玉米抗病基因定位与克隆中的应用。

科研项目：

国家自然科学基金委员会，面上项目，基因组简化新方法及其在小麦基因型检测中的应用研究，32172086，2022-01至2025-12，58万元，在研，主持；

国家自然科学基金委员会，面上项目，全基因组前景与背景基因分型技术的开发与应用，31970379，2020-01至2023-12，54万元，在研，主持；

广东省科学技术厅，广东省重点领域研发计划项目，子课题，低成本高通量全基因组基因分型技术开发与初步应用，2022B0202060002，2022-06至2025-05，60万，在研，主持；

深圳市科技创新委员会，深圳市科技计划项目，专2022N004 华南优质直播水稻新品种培育与应用，KCXFZ20211020164207012，2022-07-11至2025-07-11，400万，在研，主持。

研究进展：

改良了Fosmid文库的构建方法，大大提高了Fosmid文库的构建效率；开发了高效的重测序文库构建方法AIO-seq，简化了实验流程，降低了测序总成本；

开发了低成本、高通量的全基因组基因型检测技术FBI-seq，仅使用一条引物即可同时进行前景基因和数万个遗传背景位点的检测，该技术没有物种限制，不仅适用于主要农作物，在小宗作物中也有很好的全基因组基因分型效果。

 代表论著：

代表论文：

1. Sheng Zhao#, Cuicui Zhang#, Liqun Wang#, Minxuan Luo, Peng Zhang, Yue Wang, Waqar Afzal Malik, Yue Wang, Peng Chen, Xianjin Qiu, Chongrong Wang, Hong Lu, Yong Xiang, Yuwen Liu, Jue Ruan, Qian Qian*, Haijian Zhi*, Yuxiao Chang*. A prolific and robust whole-genome genotyping method using PCR amplification via primer-template mismatched annealing, Journal of Integrative Plant Biology, 2023, 65(3):633-645

2. Jianfei Guo, Zhigang Ma, Ce Deng, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*. A comprehensive dynamic immune acetylproteomics profling induced by Puccinia polysora in maize, BMC Plant Biology, 2022, 22(1):610.

3. Sheng Zhao#, Xueying Li#, Junfeng Song#, Huimin Li, Xiaodi Zhao, Peng Zhang, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Meng Lv, Ce Deng, Tangshun Ai, Gengshen Chen, Hui Zhang, Jianlin Hu, Zhijun Xu, Jiafa Chen, Junqiang Ding*, Weibin Song*, Yuxiao Chang*. Genetic dissection of maize plant architecture using a novel nested association mapping population, The Plant Genome, 2022, 15(1): e20179.

4. Hui Zhang#, Yuexing Wang#, Ce Deng, Sheng Zhao, Peng Zhang, Jie Feng, Wei Huang, Shujing Kang, Qian Qian, Guosheng Xiong*, Yuxiao Chang*. High-quality genome assembly of Huazhan and Tianfeng, the parents of an elite rice hybrid Tian-you-hua-zhan, SCIENCE CHINA Life Sciences, 2021, 65(2): 398-411.

5. Meng Lv, Ce Deng, Xueying Li, Xiaodi Zhao, Huimin Li, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, April Leonard, Jennifer Jaqueth, Bailin Li, Junjie Hao, Yuxiao Chang, Junqiang Ding*. Identification and fine-mapping of Rppcml496, a major QTL for resistance to Puccinia polysora in maize, The Plant Genome, 2021, 14(1): e20062.

6. Xinchao Wang#, Hu Feng#, Yuxiao Chang#, Chunlei Ma#, Liyuan Wang#, Xinyuan Hao#, A’lun Li, Hao Cheng , Lu Wang, Peng Cui, Jiqiang Jin, Xiaobo Wang, Kang Wei, Cheng Ai, Sheng Zhao, Zhichao Wu, Youyong Li, Benying Liu, Guodong Wang*, Liang Chen*, Jue Ruan*, Yajun Yang*. Population sequencing enhances understanding of tea plant evolution, Nature Communications, 2020, 11(1): 4447.

7. Sheng Zhao#, Cuicui Zhang#, Jiangqiang Mu, Hui Zhang, Wen Yao, Xinhua Ding, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*. All-in-one sequencing: an improved library preparation method for cost-effective and high-throughput next-generation sequencing, Plant Methods, 2020, 16: 74.

8. Ce Deng, Huimin Li, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Jiafa Chen, Gengshen Chen, Xuecai Zhang, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*. New QTL for resistance to Puccinia polysora Underw in maize, Journal of Applied Genetics, 2019, 60: 147-150.

9. Changsong Zou, Leiting Li, Daisuke Miki, Deli Li, Qiming Tang, Lihong Xiao, Santosh Rajput, Ping Deng, Li Peng, Wei Jia, Ru Huang, Meiling Zhang, Yidan Sun, Jiamin Hu, Xing Fu, Patrick S. Schnable, Yuxiao Chang, Feng Li, Hui Zhang, Baili Feng, Xinguang Zhu, Renyi Liu, James C. Schnable, Jiankang Zhu*, Heng Zhang*. The genome of broomcorn millet, Nature Communications, 2019, 10(1): 436-446.

10. Zhiyong Li, Yifeng Wang, Babatunde Kazeem Bello, Abolore Adijat Ajadi, Xiaohong Tong, Yuxiao Chang*, Jian Zhang*. Construction of a Quantitative Acetylomic Tissue Atlas in Rice (Oryza sativa  L.), Molecules, 2018, 23(11): 2843-2859.

11. Xingwang Li, Yuxiao Chang, Xiaodong Xin, Chunmei Zhu, Xianghua Li, James D Higgins, Changyin Wu*. Replication protein A2c coupled with replication protein A1c regulates crossover formation during meiosis in rice, Plant Cell, 2013, 25(10): 3885-3899.

12.Yuxiao Chang, Tuan Long, Changyin Wu*. Effort and contribution of T-DNA Insertion mutant library for rice functional genomics research in China: review and perspective, Journal of Integrative Plant Biology, 2012, 54(12): 953-966.

13. Yanjun Kou, Yuxiao Chang, Xianghua Li, Jinghua Xiao, Shiping Wang*. The rice RAD51C gene is required for the meiosis of both female and male gametocytes and the DNA repair of somatic cells, Journal of Experimental Botany, 2012, 63(14): 5323-5335.

14. Yuxiao Chang, Liang Gong, Wenya Yuan, Xingwang Li, Guoxing Chen, Xianghua Li, Qifa Zhang, Changyin Wu*. Replication protein A (RPA1a) is required for meiotic and somatic DNA repair but is dispensable for DNA replication and homologous recombination in rice, Plant Physiology, 2009, 151(4): 2162-2173.

15. 张翠翠#，赵胜#，王越，张鹏，常玉晓*. 利用高效的大片段 DNA回收方法改良Fosmid 文库的构建，生物技术通报，2020, 36(7): 17-23.

代表专利：

1. 常玉晓，刘可，赵胜，张会， 一种一次分离多个已知序列DNA片段的未知侧翼序列的方法，中国：ZL201811171982.5.

2. 常玉晓，穆建强，赵胜，卢颖，刘可，一种下一代测序文库的制备方法，中国：ZL201810596876.5.

3. 常玉晓，邓策，丁俊强，谭彬，蒋睢睢，一种通用长片段染色体步移的方法，中国：ZL201811172205.2

4. 常玉晓，赵胜，刘可. 一种一次制备多个DNA大片段插入双末端测序文库的方法，中国：ZL201510430638.3.

常玉晓课题组更新于2023年9月