国产“猪芯片”研发成功，助力生猪育种发展

近日，基因组所李奎团队基于梅山猪、巴马香猪等基因组序列、功能元件、生物学功能、多态信息含量及单倍型特征等数据，开发出一款生物芯片，命名为“天鹏香芯”，根据其位点特征，又称为猪70K功能位点基因芯片。该芯片可用于检测梅山猪、巴马香猪肉质品质相关的基因表达量，且涵盖了我国地方猪种多个特有的变异和位点，对推动瘦肉猪选育，保护我国地方猪遗传资源具有重要意义。

“天鹏香芯”试剂盒

“天鹏香芯”基因芯片生产策略

“天鹏香芯”采取了液相芯片策略，是具有完全自主知识产权的“中国芯”，且能够灵活地增删、筛选检测位点。在高精度的梅山猪参考基因组指导下，芯片设计整合了我国地方猪种特有的变异和位点，结合了梅山猪、巴马香猪等品种肉质相关位点2664余个，涵盖ISwine整合组学数据库中20多万个调控元件信息，位点在基因组上分布均匀，且分布于基因组活性调控区域，有效育种信息含量高。值得一提的是，芯片制备采用了人工智能技术，大大优化了探针特异性，显著提高了探针捕获效率。

“天鹏香芯”基因芯片位点功能特征分布图

“天鹏香芯”基因芯片测试结果

“天鹏香芯”在组织和精液样本中均表现优异，其中位点分型准确性和检出率均在99%以上，芯片探针捕获特异性超82%。

“天鹏香芯”基因芯片测评结果

（A）比对率；（B）捕获特异性；(C)测序文库冗余度；（D）位点检出率。

“天鹏香芯”基因芯片应用前景

“天鹏香芯”作为自主研发的中国芯片，在猪育种过程中，能够大幅提升育种效率，精准把控育种方向，有助于培育出高廋肉率等优质性状的猪品种，对未来生猪产业的发展有着重要的作用。该研究得到了国家重点研发计划项目的支持。