基因组所发表檀香高质量基因组

近日，基因组所武志强课题组联合中国林业科学研究院热带林业研究所，在《Communications Biology》上发表了题为“Chromosome-level genome assemblies from two sandalwood species provide insights into the evolution of the Santalales”的文章，该研究发布了两个高质量的檀香染色体水平基因组，阐述了檀香科基因组进化过程中独特的三倍化事件，并结合转录组测序初步揭示了与檀香半寄生相关的基因，从而为半寄生植物的进化与适应性研究提供了新见解。

檀香被称之为“黄金之树”，以其持久和独特的香气而闻名。其心材是名贵的中药，根部和主干常被用与生产熏香、药物和精美的木制品，具有非常高的经济价值。同时檀香也是半寄生植物，目前檀香尚未报道过染色体级的基因组，檀香目除檀香科物种檀香(Santalum album) 外仅报道过一个蒜头果非染色体水平的基因组。

檀香花

研究团队利用HiFi测序和Hic技术对檀香（S. album）和斐济檀香（S. yasi）进行了全基因组测序和组装。两个物种均组装成10条染色体，长度分别为229.59 Mb和232.64 Mb，分别包含21,673和22,816个预测基因，重复数分别占总基因组的28.93%和29.54%。研究发现檀香发生过一次檀香科独有的WGT事件，该近期全基因组复制事件为檀香科分支独有，并且由于转座子含量的巨大差异导致檀香基因组的大小仅为檀香目另一物种蒜头果基因组大小的六分之一。

檀香基因组（左）和斐济檀香基因组（右）

檀香科近期多倍化事件

该研究为檀香目提供了两个高质量的檀香染色体基因组，为研究早期分化的半寄生植物基因组进化提供了重要的数据集，同时也为檀香新品种的开发和改良以及实施保护策略奠定了一定的理论基础。

基因组所武志强研究员为论文的通讯作者，研究生彭丹为论文的第一作者。该研究得到深圳市优秀科技创新人才培养-优秀青年基础研究，国家自然科学基金，中国农业科学院“青年英才计划”，深圳市农业合成生物学重点实验室等项目支持。

原文链接：https://www.nature.com/articles/s42003-023-04980-2